La Quête, deuxième partie (The Fisher King: Part Two): L'agent Garcia se sent responsable de l'accident de sa collègue, Elie Greenway, qui est entre la vie et la mort. Elle redouble d'efforts pour tenter de localiser le kidnappeur.Vente en ligne (P911): Un jeune garçon, qui a disparu depuis un an, réapparaît sur un site internet connu des pédophiles.
Cruelles vidéos / Tandem (The Perfect Storm): Un couple de Jacksonville, en Floride, reçoit un DVD de sa fille kidnappée par un ravisseur aux tendances sadiques ultra-violentes. Laura est en fait la cinquième victime de ce qui semble être un tandem de tueurs en série. L'unité d'élite est dépêchée sur les lieux pour tenter de les intercepter avant leur prochain enlèvement.
Mise à nu / Psychodrame (Psychodrama): Plusieurs cambriolages sont perpétrés à Los Angeles. Le voleur ordonne à chaque fois à ses otages de se déshabiller et leur inflige des humiliations sexuelles. Gideon et son équipe ont affaire à un cambrioleur unique en son genre pour qui l'argent n'est pas la priorité.
Après la pause / Le Violeur Gentleman (The Aftermath): Toute l'équipe tente d'arrêter un violeur qui, après avoir agressé de jeunes étudiantes, s'attaque à un tout autre type de victimes.
Tueur d'enfants / Le Croque-Mitaine (The Boogeyman): Toute l'équipe se rend dans une petite ville du Texas afin d'enquêter sur le meurtre de plusieurs enfants. Elle se remet doucement de l'agression dont elle a été victime. Hotch se fait du souci pour elle lorsqu'elle rate une évaluation psychologique obligatoire et qu'elle ne répond pas à ses appels.
La Règle des trois (North Mammon): Un homme enlève trois jeunes filles, les enferme dans une pièce en leur disant que seules deux d'entre elles pourront en sortir vivantes. Il exige qu'elles choisissent laquelle devra mourir. La mère de l'une des jeunes filles supplie J.J. de se charger de l'enquête.
Le Meilleur des mondes / La Planète vide (Empty Planet): L'unité d'élite se rend à Seattle pour mettre hors d'état de nuire un poseur de bombes qui terrorise la ville. Travaillant de concert avec l'auteur d'un roman de science-fiction, Gideon et son équipe tentent de comprendre les motivations du tueur.
Le Dernier Mot (The Last Word):Tous les agents traquent deux tueurs en série qui terrorisent la même ville. Ils ont des méthodes opposées et semblent entretenir une rivalité morbide. Emily rejoint l'équipe. Ne sachant rien d'elle, Hotch et Gideon ont du mal à l'accepter.
Les Leçons du passé / Les Erreurs du passé (Lessons Learned): Gideon, Reid et Prentiss se rendent à Guantanamo Bay pour interroger le chef religieux d'une cellule terroriste alors qu'une arme chimique de destruction massive a été découverte par une équipe de la brigade des stupéfiants. S'ils veulent déjouer l'attentat qui se prépare, ils devront réussir à obtenir les aveux du prisonnier en quarante-huit heures. Les connaissances en langue arabe de l'agent Prentiss sont un précieux atout durant l'interrogatoire.
Pulsions / Sexe, Naissance et Mort (Sex, Birth, Death): Un tueur en série s'attaque à des prostituées à Washington. L'équipe soupçonne un adolescent tourmenté qui avait abordé Reid pour lui demander son avis sur ces meurtres. Hotch subit des pressions de la part d'un membre du Congrès, sur le point d'annoncer une baisse significative de la criminalité, qui lui demande de ne pas ébruiter l'affaire dans les médias.
De l'autre côté / Profiler profilé (Profiler, Profiled): Morgan revient voir sa famille à Chicago. Un détective, qui s'est servi d'un profil établi par Gideon quelques mois plus tôt, le soupçonne d'être un tueur en série. Toute l'équipe part à Chicago afin de trouver le vrai meurtrier et disculper Morgan.
Face-à-face / Sans issue (No Way Out): Gideon et son équipe ont affaire au plus prolifique des tueurs en série de leur carrière. La tâche de l'unité d'élite est d'autant plus difficile que le tueur retient une femme en otage. Ils doivent donc convaincre les autorités de différer leur arrestation pour la sauver.
Péchés mortels, première partie / Sous emprise (The Big Game: Part One): Après la finale du Super Bowl, un jeune couple est assassiné à son domicile. L'unité d'élite pense, tout d'abord, avoir affaire à un tueur en série qui enregistre ses meurtres à l'aide d'une webcam pour ensuite les diffuser sur internet. Elle découvre bientôt que le meurtrier a plusieurs personnalités. Reid court un grave danger.
Confessions, deuxième partie / Révélations (Revelations: Part Two): L'équipe est à la recherche d'un tueur en série lorsqu'elle réalise qu'il a enlevé Reid. Ils le voient en direct sur internet se faire battre et droguer. Sous l'emprise des stupéfiants, Reid revit des moments difficiles liés à son enfance et tente de faire parvenir des indices à ses coéquipiers à travers des passages de la bible.
La Couleur de la mort / Du rêve à la mort (Fear and Loathing): Après la finale du Super Bowl, un jeune couple est assassiné à son domicile. L'unité d'élite pense, tout d'abord, avoir affaire à un tueur en série qui enregistre ses meurtres à l'aide d'une webcam pour ensuite les diffuser sur internet. Elle découvre bientôt que le meurtrier a plusieurs personnalités. Reid court un grave danger.
Fantôme de guerre (Distress): Dans une banlieue pauvre de Houston, les agents traquent un tueur qui brise le cou de ses victimes, qu'il choisirait au hasard. Des abris abandonnés à côté des scènes de crimes laissent à penser qu'il s'agit de l'œuvre d'un sans-abri. Reid commence à présenter des troubles du comportement.
L'Éventreur (Jones): Un tueur, qui s'inspire du mode opératoire de Jack l'éventreur, a déjà fait trois victimes à La Nouvelle-Orléans. La police locale croyait le meurtrier décédé suite à l'ouragan Katrina, mais un quatrième assassinat leur prouve le contraire. Tous les dossiers des victimes ayant disparu durant la catastrophe, le seul indice dont Gideon et son équipe disposent est le mot "Jones", que le commissaire alors responsable de l'enquête avait inscrit sur le mur de sa maison avant de périr dans la tempête.
Le Pyromane / Incendies en série (Ashes and Dust): Un pyromane prend pour cible des familles américaines modèles. Toute l'équipe est bientôt persuadée qu'il s'en prend à des employés d'entreprises ayant pollué la nappe phréatique de leur ville.
Code d'honneur (Honor Among Thieves): Les détectives enquêtent sur l'enlèvement d'un immigré russe. La mère de l'agent Prentiss, une ambassadrice qui a passé de nombreuses années en Russie, tente de faire jouer ses relations.
Les Proies / Saison de chasse (Open Season): Depuis un an, l'inspecteur Cal McGee est chargé de surveiller les quartiers pauvres de Kansas City. Il constate la disparition de plusieurs sans-abri, prostituées et jeunes drogués qu'il a l'habitude de croiser. Contre l'avis de son supérieur, il fait appel au FBI. Toute l'équipe découvre qu'elle a affaire un homme qui s'est donné pour mission de supprimer toutes les personnes qu'il juge "mauvaises".
Morts anonymes / Le Nettoyeur (Legacy): Depuis un an, l'inspecteur Cal McGee est chargé de surveiller les quartiers pauvres de Kansas City. Il constate la disparition de plusieurs sans-abri, prostituées et jeunes drogués qu'il a l'habitude de croiser. Contre l'avis de son supérieur, il fait appel au FBI. Toute l'équipe découvre qu'elle a affaire un homme qui s'est donné pour mission de supprimer toutes les personnes qu'il juge "mauvaises".
Le Retour de Frank / La Dernière Folie de Frank (No Way Out II: The Evilution of Frank): Le tueur en série dénommé Frank est de retour. Il assassine la petite amie de Gideon, qui met tout en œuvre pour le retrouver sans rien dire au reste de l'équipe.
Saison 2
